История 1991-2012 гг.
Продолжаются исследования по программе Летопись природы. В сентябре 1993 г. к Центрально-Черноземному заповеднику был присоединен участок Лысые Горы в Губкинском р-не общей площадью 170 га. В 1995 г. территория ЦЧЗ увеличилась на 267 га за счет включения участка Стенки-Изгорья в Новооскольском р-не Белгородской области (переданные впоследствии заповеднику «Белогорье»).
В 1995 г. ЦЧЗ стал полноправным членом Федерации национальных парков и природных резерватов Европы.
А в 1998 г. в состав заповедника вошли два новых участка общей площадью 986,4 га: «Зоринский» и «Пойма Псла».
Впервые эти болота исследовал и кратко описал академик В.Н. Сукачев в 1902 г. В 1905 г. он вновь посетил эти места и в своих трудах упомянул местное название болот «Зоринские» - по названию села Зорино. Сукачев отмечал, что мы имеем редкий случай для Южной России, когда болота не находятся в связи с нынешней долиной реки и не представляют старых заболоченных стариц, а образовались совершенно самостоятельно. Сукачев предполагал, что болотная растительность в этих местах есть наследие ледниковой эпохи. Ученый Н.И. Пьявченко, побывавший там в 1937-1938 гг., связывает происхождение Зоринских болот как с зарастанием мелких водораздельных озер, так и с заболачиванием котловин, которые заполняются водой лишь в весеннее время, и предполагает что возраст болот не превышает 400-450 лет. Зоринские болота привлекали внимание ученых разного профиля. Воронежский геоботаник К.Ф. Хмелев в 1972-75 годах обнаружил 53 болота, из которых 20 – сфагновые, диаметр самых крупных округлых западин достигает 100-300 м при глубине 1,5-3,0 м. Он считал, что Зоринские болота представляют собой уникальные природные эталоны, характерные для лесостепной зоны и, несмотря на сравнительно небольшие размеры, играют важную роль в поддержании высокого уровня грунтовых вод, положительно влияют на микроклимат окружающей местности. Охранный статус Зоринские болота получили в 1977 г., став памятником природы Курской области.
В 1998 г. ЦЧЗ стал обладателем Диплома Совета Европы в числе четырёх из ста заповедников России.
Некоторое время в состав Центрально-Черноземного государственного заповедника входили 9 участков, но 29 марта 1999 г. 3 участка – Ямской, Лысые Горы и Стенки-Изгорья, расположенные на территории Белгородской области - были переданы соседнему заповеднику «Лес на Ворскле», который получил новое название - «Белогорье».
В 2003 г. был открыт Эколого-информационный центр заповедника.
Главное место в деятельности ЦЧЗ всегда занимали научные исследования. Работа ведется по двум основным направлениям – проведение ежегодных наблюдений в рамках Летописи природы и НИР, выполняемые на договорной основе (в т.ч. гранты). При проведении научных исследований используются последние достижения НТП (электронная почта, Интернет, все компьютеры заповедника соединены в локальную сеть с выходом в электронную почту, в полевых исследованиях нашли применение GPS, ГИС, цифровая видеозапись и пр.). Разделы Летописи природы Центрально-Черноземного заповедника: Погода; Почвы; Воды; Флора, Растительность и микобиота; Фауна и животное население, Календарь природы.
По многим объектам и явлениям накоплены длительные ряды наблюдений (30-50 и более лет). Проводится обобщение полученных результатов за весь период наблюдений в ЦЧЗ. В последнее десятилетие кроме Летописи природы ЦЧЗ выполнял работы еще по 25 научным темам, в т.ч. по грантам РФФИ, ГЭФ, Совета Европы, WWF.
Сторонними организациями, выполнявшими исследования на территории заповедника являются: Институт географии РАН, ИПЭЭ РАН, МГУ, МПГУ, Воронежский университет, Курский университет, Курская СХА, Курская медакадемия и многие другие.
Длительные многолетние научные работы, проводящиеся в заповеднике по единой методике, ложатся в основу глобальных мониторинговых исследований. В настоящее время обобщены основные результаты многолетних научных исследований и мы можем констатировать те изменения, которые произошли на территории биосферного резервата за время заповедания.
В настоящее время в состав Центрально-Черноземного заповедника входит 6 удаленных на расстояние 120 км друг от друга участков на территории Курской области.